* The Short-Timers (1990) :Han spelar en karaktär som heter "Kaptenen" i den här svarta komedin om en grupp soldater stationerade i Filippinerna.
* Bram Stokers Dracula (1992) :Han spelar rollen som Renfield, greve Draculas mentalt störda patient. Detta var en mer framträdande roll för honom.
* The Ballad of Little Jo (1993) :Han porträtterar en mystisk karaktär som heter "The Preacher" i detta västerländska drama.
* Mystery Men (1999) :Han har en roll som "The Sweeper" i denna superhjältekomedi.
* Big Fish (2003) :Han spelar "The Witch" i Tim Burtons fantasyfilm.
Det är värt att notera att Tom Waits främst är känd för sin musikkarriär, och han har bara medverkat i ett fåtal filmer. Han tenderar att välja roller som är mörka, excentriska eller på annat sätt okonventionella.