Tjajkovskij dog den 6 november 1893 (25 oktober, enligt den gamla ryska julianska kalendern) av kolera, som var ett allvarligt folkhälsoproblem på den tiden och kunde spridas snabbt om det infekterade vattnet konsumeras omedvetet. Även om detta kan verka "ovanligt" för många idag, var kolerautbrott inte särskilt ovanligt vid den tiden.
Vid den tiden bröt det ut ett kolerautbrott runt St. Petersburg (dagens Leningrad i Ryssland), där Tjajkovskij bodde. Han fick tyvärr bakterierna, som påverkade hans hälsa allvarligt under flera dagar, vilket slutligen bidrog till hans död.
För att förhindra spekulationer och kontroverser senare, angav diagnosen från läkarna att en trolig infektion från förorenat vatten eller okokt mat som Tjajkovskij oavsiktligt kunde ha ätit. Det finns inga ovanliga teorier om hans bortgång förutom att hans sjukdom leder till döden.