* Spelversion: Olika spel har olika bossar och svårighetskurvor.
* Spelarens skicklighetsnivå: En skicklig spelare kommer att finna vissa chefer lättare än andra, oavsett generell svårighet.
* Teamsammansättning: Ditt Pokémon-lags styrkor och svagheter kommer drastiskt att påverka hur du klarar dig mot vissa chefer.
Vissa chefer nämns dock konsekvent som särskilt tuffa utmaningar:
Från huvudserien (Röd, Blå, Rescue Team, etc.):
* Darkrai (Super Mystery Dungeon): Känd för sina kraftfulla attacker av mörk typ och förmåga att manipulera slagfältet, är Darkrai en formidabel utmaning.
* Groudon/Kyogre (Utforskare av Tid/Mörker/Himmel): Dessa legendariska Pokémon är kraftfulla i sina respektive typer och kan vara överväldigande för oförberedda lag.
* Mewtwo (Gates to Infinity): Mewtwo är en kraftfull Pokémon av psykisk typ, känd för sin höga attackkraft och förmågan att lära sig ett brett utbud av rörelser.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): En kraftfull drake/flygande typ med hög statistik och tillgång till skadliga drag, Rayquaza är en tuff motståndare även för erfarna spelare.
* Giratina (Super Mystery Dungeon): Denna legendariska Pokémon är känd för sin höga statistik och tillgång till skadliga drag, vilket gör det till en utmaning för många spelare.
Från spin-off-spelen (Mystery Dungeon:Rescue Team DX, etc.):
* Den store kungen (Rescue Team DX): Den här chefen är en gigantisk, flerhövdad best med kraftfulla attacker och en enorm hälsopool, vilket gör det till ett riktigt uthållighetstest.
* The Darkness (Rescue Team DX): Denna mystiska, skuggiga varelse är en formidabel motståndare som utmanar spelarens förståelse för spelets mekanik och kräver ett väl förberett lag.
I slutändan kommer den svåraste chefen för dig att bero på din individuella erfarenhet och spelstil. De ovan nämnda cheferna anses dock generellt vara bland de tuffaste i serien, och erbjuder en riktig utmaning för även erfarna Pokemon Mystery Dungeon-spelare.