Hiro Nakamura är en av få hjältar som har lyckats hålla sig på fri fot. Han har använt sina tidsresor för att rädda människor och förhindra katastrofer, men han är också medveten om att världen fortfarande står inför ett stort hot.
Säsongens huvudskurk är en ny karaktär vid namn Erica Kravid, chefen för ett globalt mediaimperium som i hemlighet manipulerar händelser bakom kulisserna. Erica är fast besluten att ta kontroll över världens regeringar och eliminera alla hot mot hennes makt, inklusive hjältar och skurkar.
När Ericas planer börjar förverkligas måste hjältarna slå sig samman en sista gång för att stoppa henne och rädda världen. Den sista säsongen kulminerar i en kamp mellan det goda och det ondas krafter, där hjältarna slutligen råder och återställer fred i världen.