Danforth var involverad i rättegångarna från början och var närvarande vid många av undersökningarna och förhören. Han förhörde ofta de anklagade och pressade dem att erkänna sin skuld. Han spelade också en roll i dömandet av de anklagade, och han undertecknade många av dödsdomarna.
Danforths agerande under rättegångarna har fått stor kritik av historiker och juridiska experter. Han ses ofta som en symbol för överdrifterna i Salems häxprocesser och farorna med att tillåta hysteri och fördomar att åsidosätta förnuft och rättvisa.