När Rorschach gräver djupare upptäcker han en konspiration som involverar en grupp kostymklädda vigilanter som kallas Minutemen, som var aktiva på 1940- och 1950-talen. Han lär sig också om ett ämne som kallas "Prometheus", som har kraften att ge människor superkrafter.
Rorschach slår sig ihop med Nite Owl, en före detta superhjälte som nu är pensionerad, och Dr. Manhattan, en kraftfull och gudaliknande varelse som skapades av Veidt. Tillsammans konfronterar de Veidt och upptäcker att han är hjärnan bakom konspirationen. Veidts plan är att använda Prometheus för att förstöra en storstad och därigenom förena världen i rädsla och förhindra kärnvapenkrig.
Rorschach, Nite Owl och Dr. Manhattan försöker stoppa Veidt, men de är för sena. Veidt detonerar bomben, förstör New York City och dödar miljontals människor. Efterdyningarna av katastrofen lämnar världen i kaos och osäkerhet.
The Watchmen är en komplex och moraliskt tvetydig berättelse som utforskar teman som hjältemod, vaksamhet och naturen av gott och ont. Det är också en kommentar om det kalla kriget och hotet om kärnvapenkrig.