I Pokémon Crystal reser du mellan städer och städer med olika metoder:
* Gå: Den vanligaste metoden, särskilt tidigt i spelet.
* Cykling: Tillgänglig när du skaffar en cykel från cykelvägen i Goldenrod City.
* Båt: Används för att resa mellan vissa städer, som från New Bark Town till Violet City.
* Tåg: Används för att resa till vissa städer, som från Goldenrod City till Ecruteak City. Du köper tågbiljetter för att åka, men det finns inget dedikerat "tågkort".
Spelet har inte ett järnvägspasssystem som vissa senare Pokemon-spel, som Pokemon Diamond, Pearl och Platinum.