Han föddes i Davao City, Davao, Filippinska öarna, och var gift med Mercedes Cacho. Han var far till den tidigare borgmästaren i Davao City, Sara Duterte, vicepresidentdottern Inday Sara Duterte-Carpio och den tidigare kongressledamoten i Davao 3:e distriktet Paolo "Pulong" Duterte.
Alvarez, som är en politisk veteran i Davao City, gick in i politiken först 1965, då han valdes till vice borgmästare i staden. Hans två mandatperioder som borgmästare präglades av en kampanj mot muslimska rebeller i området och ett aggressivt ekonomiskt utvecklingsprogram. Han stödde också Ferdinand Marcos presidentskap.
Under krigslagstiftningen valdes Alvarez till representant för 3:e distriktet i Davao 1978. Han omvaldes 1980 och 1984. Han var en integrerad del av Marcos maskineri och en allierad till den bortgångne presidenten.
När Marcos störtades i People Power Revolution 1986 bytte Alvarez sida och gick med i president Corazon Aquinos regering. Han utsågs därefter till försvarsminister.
1987 utsågs han till administratör för Philippine Coconut Authority. Han tjänstgjorde till 1990.