Med hjälp av sin flickvän Karen (Lily Collins) flyr Nathan från anläggningen och ger sig ut på flykt. De måste undvika tillfångatagandet medan de försöker avslöja den större konspirationen bakom dessa experiment. Nathans telekinetiska krafter blir allt starkare, och han börjar använda dem för att slå tillbaka mot de regeringsagenter som förföljer honom.
I en klimatstrid konfronterar Nathan ledaren för den hemliga organisationen och avslöjar sanningen om deras aktiviteter för allmänheten. Filmen slutar med att Nathan och Karen flyr och återförenas med Karens mamma. Avslöjandet av regeringens experiment leder till ett offentligt ramaskri och upplösningen av den hemliga organisationen.
Slutet öppnar möjligheten för framtida äventyr för Nathan när han fortsätter att utveckla sina krafter och lära sig mer om sitt verkliga ursprung.