- 2007 MTV Europe Music Awards:Bästa rock
- 2010 MTV Video Music Awards:Bästa alternativa video ("Kings and Queens")
- 2011 MTV Video Music Awards:Bästa rockvideo ("Closer to the Edge")
- 2013 MTV Video Music Awards:Bästa alternativa video ("Up in the Air")
- 2014 Billboard Music Awards:Top Rock Song ("Up in the Air")
- 2015 iHeartRadio Music Awards:Årets bästa alternativa rocklåt ("Walk on Water")
- Alternative Press Music Awards 2017:Bästa liveband
- 2018 Lo Nuestro Awards:Årets pop-/rocklåt ("Rescue Me")
Utöver dessa utmärkelser har 30 Seconds to Mars också nominerats till ett flertal andra utmärkelser, inklusive Grammy Awards och Brit Awards.