- Newbery Honor Award för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2011)
- Theodor Seuss Geisel Honor Award för "Stink and the Ultimate Showdown" (2009)
- California Young Reader Medal för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Rhode Island Children's Book Award för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Georgia Children's Book Award för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Iowa Children's Choice Award för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Keystone State Reading Association Children's Book Award för "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
Utöver dessa har Megan McDonald också erkänts av American Library Association, Society of Children's Book Writers and Illustrators och National Education Association för sina bidrag till barnlitteratur.