1. Knight Commander of the Order of the Crown of Italy :År 1889 hedrade kung Umberto I av Italien Flagler med titeln riddare kommendör av Italiens kronoorden. Detta prestigefyllda pris tilldelades honom som ett erkännande för hans bidrag till utvecklingen av turismen i Florida.
2. Hederslegionen :1904 tilldelades Flagler Hederslegionen, som är den högsta utmärkelsen som tilldelats av Frankrikes regering. Denna ära gavs till Flagler för hans prestationer inom hotellbranschen och hans bidrag till utvecklingen av den franska rivieran.
3. Roosevelt-medaljen :1915 fick Flagler Roosevelt-medaljen från National Civic Federation, en prestigefylld organisation dedikerad till att främja sociala och ekonomiska reformer. Medaljen delades ut som ett erkännande av Flaglers vision, ledarskap och filantropi.
4. Hedersgrader :Flagler erkändes också av flera utbildningsinstitutioner för sina prestationer. Han fick hedersgrader från bland annat Stetson University, Rollins College och University of Florida. Dessa grader erkände hans bidrag till utbildning och hans engagemang för att främja kunskap.
5. Medborgar- och samhällsutmärkelser :Förutom dessa formella utmärkelser hedrades Flagler också av olika samhälls- och samhällsorganisationer under hela sitt liv. Han fick många plaketter, certifikat och resolutioner som erkänner hans bidrag till tillväxten och utvecklingen av olika regioner i Florida.
Dessa utmärkelser och utmärkelser återspeglar den höga aktning som Flagler hölls under sin livstid. Han var allmänt erkänd för sin visionära anda, sitt engagemang för att bygga upp Floridas turistindustri och sina filantropiska ansträngningar som lämnade en bestående inverkan på staten.