Efter Alisons försvinnande ett år tidigare börjar Pretty Little Liars få anonyma meddelanden från någon som heter "A" som hotar att avslöja deras mörkaste hemligheter. När flickorna försöker ta reda på vem som ligger bakom dessa meddelanden börjar de gräva fram sedan länge begravda sanningar och står inför fara som hotar deras liv. De måste arbeta tillsammans för att reda ut mysteriet med Alisons försvinnande och avslöja identiteten på "A" innan det är för sent.
Under loppet av showen gräver lögnarna djupare in i de komplexa hemligheterna och dramatiken i sina egna liv och deras relationer med sina respektive kärleksintressen, vänner och familjemedlemmar. Genom vändningar, vändningar och oväntade allianser väver "Pretty Little Liars" ett spännande nät av mystik, spänning och vänskap när tjejerna konfronterar sitt förflutna, omfamnar sina styrkor och konfronterar de krafter som har förföljt dem från början.