Kriget börjar när Portgas D. Ace, andra divisionsbefälhavaren för Whitebeard Pirates och den biologiska sonen till Gol D. Roger, den tidigare piratkungen, tillfångatas av marinsoldaterna och planeras för avrättning. Aces bror, Monkey D. Luffy, huvudpersonen i serien, och hans besättning, Straw Hat Pirates, försöker rädda Ace, vilket leder till en sammandrabbning med marinsoldaterna.
När striden eskalerar blir mer kraftfulla individer och grupper involverade, inklusive de tre amiralerna från marinsoldaterna, havets sju krigsherrar och till och med tidigare fiender till Whitebeard Pirates som väljer att slåss tillsammans med dem. Striden präglas av intensiva strider, svek och personliga uppoffringar då båda sidor lider stora förluster.
The Paramount War har flera betydande konsekvenser för One Piece-världen. Det förändrar maktbalansen mellan marinsoldaterna och piratbesättningarna, vilket leder till en ny era av piratkopiering. Den avslöjar också viktig information om One Piece-universums historia och hemligheter, inklusive den sanna naturen hos Devil Fruits och existensen av de antika vapnen.
Sammantaget är Paramount War en avgörande händelse i One Piece-berättelsen som formar seriens framtid och har bestående återverkningar på karaktärerna och världen de lever i.