I slutet av Danny Phantom besegrar Danny sin ärkefiende Vlad Plasmius och räddar världen från hans onda planer. Han lyckas också befria sina föräldrar från spökzonen, och de återförenas som en familj. Danny och hans vänner kan återgå till sina normala liv, men de är nu medvetna om spökens värld och det ansvar som följer med det.
Serien slutar med att Danny och hans vänner flyger iväg i solnedgången, redo att möta alla utmaningar som kommer i deras väg.