Genom hela romanen ger Jim och hans vänner, inklusive Dr Livesey och Squire Trelawney, ut på en farlig resa för att hitta skatten inför Silvers besättning. Konflikten intensifieras när de möter olika hinder, inklusive stormar, förrädisk terräng och konfrontationer med piraterna. Den ultimata sammandrabbningen inträffar när piraterna gör myteri och försöker ta kontroll över skeppet, vilket leder till en strid mellan Jim och hans allierade mot Silver och hans män.
I sin kärna drivs konflikten i "Skattön" av jakten på rikedom och girighet, samt kampen om makt och kontroll. Karaktärernas motiv och önskningar sätter dem i konflikt med varandra, vilket skapar spänning och spänning när berättelsen utvecklas. Dessutom belyser konflikten temat gott mot ont, eftersom Jim och hans vänner representerar ärlighet och lojalitet, medan Silver och hans besättning förkroppsligar svek och förräderi.