En av de mest uppenbara dragen i pjäsen som väcker frågor om religiös tolerans är porträtteringen av Shylock, den judiska penningutlånaren. Shylock avbildas som en grym och girig man som är besatt av pengar och söker hämnd mot Antonio, en kristen köpman som har gjort honom orätt. Han förkroppsligar många av de negativa stereotyper som var förhärskande om judar på Shakespeares tid, och hans karaktär har ofta tolkats som antisemitisk.
Å andra sidan finns det ögonblick i pjäsen som utmanar dessa stereotyper och problematiserar idén om religiösa fördomar. Till exempel kämpar Antonio själv med sina egna fördomar mot judar, och hans behandling av Shylock visar en blandning av både förakt och sympati. Portia, pjäsens hjältinna, argumenterar för vikten av barmhärtighet och förlåtelse, och hon övertalar så småningom Shylock att visa barmhärtighet mot Antonio. Denna scen har lästs av många kritiker som en uppmaning till tolerans och förståelse.
Ett annat perspektiv på pjäsens ställningstagande till religiös tolerans är att den helt enkelt speglar de sociala och kulturella verkligheterna på Shakespeares tid. Antisemitismen var djupt inbäddad i det kristna samhället i Europa, och det skulle ha varit svårt för Shakespeare att presentera en mer tolerant syn utan att riskera censur eller alienera sin publik. Därmed kunde pjäsen ses som en produkt av sin tid snarare än en återspegling av Shakespeares egna övertygelser.
Sammantaget är The Merchant of Venice en komplex och nyanserad pjäs som erbjuder flera perspektiv på religiös tolerans och fördomar. Även om det innehåller vissa antisemitiska element, presenterar det också ögonblick av medkänsla och förståelse som komplicerar vår läsning av pjäsens budskap. I slutändan uppmanar pjäsen publiken att överväga komplexiteten i religiösa skillnader och att kritiskt granska sina egna fördomar.