- Hans experimentella metoder var inte alltid rigorösa. Han förlitade sig ibland på anekdotiska bevis och kontrollerade inte alltid för variabler. Detta ledde till att några av hans slutsatser var felaktiga.
- Han var ibland för snabb med att generalisera utifrån sina experiment. Han gjorde ofta svepande uttalanden baserade på ett begränsat antal observationer. Detta ledde till att några av hans teorier blev alltför förenklade.
- Han var inte alltid öppen för nya idéer. Han var ibland motståndskraftig mot nya teorier som stred mot hans egna. Detta hindrade honom från att göra några viktiga upptäckter.
Trots dessa svagheter var Robert Boyle en lysande vetenskapsman som gjorde betydande bidrag till vetenskapen. Hans arbete bidrog till att lägga grunden för modern kemi och fysik.