Marty upptäcker Shiloh bunden till ett träd, tydligt försummad och misshandlad, och utvecklar ett starkt band med djuret. Shiloh tillhör dock Judd Travers, en grym och missbrukande ägare, som till en början vägrar att sälja hunden till Marty. Martys önskan att rädda Shiloh från dess missbrukande omständigheter leder honom till konflikt med Judd och hans son, som hotar och skrämmer Marty för att hindra honom från att blanda sig.
Konflikten intensifieras när Marty bestämmer sig för att ta hem Shiloh och gömma honom, trots Judds order. När Judd obevekligt strävar efter Shilohs återkomst möter Marty ökande press och moraliska dilemman. Martys vänskap med sin klasskamrat Dara Lynn hjälper honom att ta hand om Shiloh och dölja var hunden befinner sig, men Marty brottas också med rädslan för att bli fångad av Judd och konsekvenserna som kan följa.
Den centrala konflikten i "Shiloh" kretsar kring konflikten mellan Martys medkännande natur och Judds känslolösa ignorering av djurens välbefinnande. Det väcker viktiga frågor om den etiska behandlingen av djur, ägandets natur och hur långt man bör gå för att skydda en oskyldig varelse från skada. Berättelsen utforskar teman som mod, lojalitet och de band som bildas mellan människor och djur, allt vävt inom ramen för en liten stadsgemenskap och kampen för rättvisa.