Den exakta orsaken till hans död är okänd, men det tros ha varit en hjärtattack På grund av de hårda förhållandena varade han. Han hittades död nära sitt tält, och hans kropp begravdes under en snödrivning.
Det är viktigt att notera att Wegeners teori om kontinental drift, som han föreslog 1912, inte var allmänt accepterad under sin livstid. Han dog som en relativt okänd forskare, men hans banbrytande teori visade sig så småningom korrekt, och han anses nu vara en av de viktigaste figurerna i geologins historia.