Séguy föddes i Toulon, Frankrike, den 1 juli 1877. Han visade en passion för naturhistoria i unga år och började samla insekter vid 12 års ålder. Han studerade medicin vid universitetet i Montpellier och tog examen 1902.
Séguy började sin karriär som militärläkare, men han ägnade sig snart åt entomologi. Han arbetade vid Muséum national d'histoire naturelle i Paris från 1906 till sin pensionering 1942. Under sin tid på museet kurerade han Diptera-samlingen och publicerade ett flertal vetenskapliga artiklar och böcker i ämnet.
Séguys huvudsakliga forskningsområde var familjen Muscidae, och han blev en världsexpert på denna grupp. Han beskrev över 1 000 nya arter av Muscidae och publicerade flera monografier och kataloger om familjen. Han arbetade också på andra familjer av Diptera, inklusive Tephritidae, Conopidae och Cecidomyiidae.
Förutom sitt vetenskapliga arbete var Séguy också en aktiv medlem i flera vetenskapliga sällskap, inklusive Société entomologique de France och Royal Entomological Society of London. Han tilldelades Linnean Medal of the Linnean Society of London 1939 och Prix Constant från Académie des sciences i Paris 1949.
Séguy dog i Paris den 23 oktober 1951, 74 år gammal. Han var en produktiv entomolog som gjorde betydande bidrag till studiet av Diptera, och hans arbete citeras fortfarande flitigt av forskare idag.