Den officiella flaggan för St Charles County är rödbrun och vit och har en framträdande vit cirkel med ett rödbrunt kors mot den. Den rödbruna färgen representerar styrka, iver och glöd. Den vita färgen symboliserar renhet, sanning och tro. Det framträdande vita korset är symboliskt för länets arv och den katolska kyrkans inflytande i området sedan de tidigaste franska bosättningarna.