En av de mest slående sakerna med Holbeins verk är hans användning av symbolik och allegori. Han använde ofta föremål och figurer för att representera abstrakta koncept eller idéer, och hans målningar är fulla av dolda betydelser och referenser. Till exempel inkluderar han i sin målning "Ambassadörerna" (1533) ett antal symboler som anspelar på tidens politiska och religiösa spänningar. Skallen i förgrunden är till exempel en påminnelse om livets förgänglighet, och lut- och musikböckerna representerar universums harmoni.
Holbein var också en mästare på satir, och hans verk är ofta fullt av humoristiska och kritiska iakttagelser av samhället. I sin målning "Dödsdansen" (1526-27) skildrar han till exempel döden som leder en procession av människor från alla samhällsskikt, från kungar och påvar till bönder och tiggare. Målningen är en påminnelse om att döden är oundviklig och att ingen är befriad från den, oavsett social status eller rikedom.
Holbeins verk ger en värdefull inblick i den norra renässansens värld. Hans målningar speglar tidens sociala, politiska och religiösa förändringar och de erbjuder ett unikt perspektiv på människorna och händelserna under den perioden.