2. Stationär fas :Vid gelelektrofores är den stationära fasen en gel (agaros eller polyakrylamid), medan den stationära fasen vid papperskromatografi är ett ark av absorberande papper.
3. Separation av ämnen :Skillnaden i rörelsehastighet genom de stationära faserna separerar ämnen i båda teknikerna.
4. Visualisering :Efter separationen visualiseras ämnen med lämpliga färgnings- eller detektionsmetoder.